Παναγία
Η μισογκρεμισμένη εκκλησία της Παναγίας αποτελεί ένα ξεχωριστό μνημείο στο χωριό λόγω του ότι δυστυχώς δεν υπάρχουν αρκετά στοιχεία που να οριοθετούν την ιστορία της εκκλησίας. Ο αρχαιολόγος κ. Αντουράκης Β. Γεώργιος αναφέρει σε μελέτη του για τον ‘Αγιο Γίαννη ότι ”πλησίον του εξεταζόμενου ναού υπάρχουν παλαιά και κατερειπωμένα κτίρια, καθώς και ο ερειπωμένος μονόχωρος ναός και διάφορα άλλα απομεινάρια ίσως του 10ου-11ου αιώνα. Τα ερείπια αυτά επιτρέπουν να υποθέσουμε ότι: ίσως υπήρχε εκέι κάποια μονή (άγνωστη όμως), της οποίας η ιστορία δεν είναι εύκολο να εξιχνιασθεί, λόγω ανεπάρκειας ικανών στοιχείων. Η ντόπια παράδοση (γέροντες της περιοχής) επιμένει ότι εκεί υπήρχε κάποτε μονή, η οποία όμως εγκαταλείφθηκε και κατερειπώθηκε. Η παλαιά αυτή μονή διέσωσε το όνομά της στην προαναφερθείσα ιστορική μονή Βαλσαμονέρου Ηρακλείου. Κατά συνέπεια, η παράδοση επιμένει για μια στενή σχέση του Βαλσαμονέρου Ρεθύμνης με την ομώνυμη μονή της Επαρχίας Καινουρίου.”
(Γεώργιος Β. Αντουράκης. Ο Βυζαντινός Ναός του Αγίου Ιωάννου στο Κάτω Βαλσαμόνερο Ρεθύμνης, σελ. 327)
Η εκκλησία όπως έχει διασωθεί.
Έγιναν προσπάθειες για να σκεπαστεί ο ναός. Γενικότερα, έχει γίνει ανάπλαση του περιβάλλοντος χώρου.
Η εκκλησία και ο περιβάλλον χώρος όπως έχει διαμορφωθεί.
Το συνεργείο της αρχαιολογίας εγκαταστάθηκε στο χωριό και ξεκίνησε τις εργασίες για την ολοκλήρωση του ναού της Παναγίας. Οι εργασίες ξεκίνησαν γύρω στις 20/10/2014.
Σήμερα, ο ναός έχει αποκατασταθεί πλήρως.
